いきなり難しいテーマになりました、私のわかる範囲で書いていきます、間違えていたらコメントで突っ込んでください。
私もさわり出したばかりでわからないこといっぱいです。
まず作られている言語がxoopsはPHPとMYSQLで、Movable Typeはperlとdbは何種類か対応いてますよね、あってますか？
xoopsはコミュニティを運営できるCMS、MTは日記の色合いが強いように思います。
xoopsは色々なモジュールを組み込んでいくことで、色々とカスタマイズ出来ます、しかも日本語で。
Movable Typeはテンプレートをインストールすると何か色々出来そうですが、英語なのでちんぷんかんぷんです。
xoopsのレイアウトはテーブルとCSSですが、MTはCSSのみです。
私も日記はMTで書いて、サブドメイン作ってそこにxoopsで何かコミュニティ作ろうと思ってます。
この前、MT3.2-ja-2のことでMT設置したばかりでと言うweb日記を書いてSix Apartのブログにトラックバックを送ったら、70ぐらいアクセスあってビックリでした、アメリカからも見に来てたけど日本語表示されるのかな？
Movable Type 3.2日本語版発売中!!
http://www.forest.impress.co.jp/article/2003/12/11/blog.html
テンプレートを導入するのではなく導入するのはプラグインでした。
Movable Typeはhtmlファイルを毎回作り直しているのですが、xoopsはphpファイルなのでその必要がないです。
Movable Typeもうまくコンテンツを考えカテゴライズすれば日記だけじゃなくサイトとして使えます。
僕も、自転車コミュニティ作りましたよ！まだUPしてないですけど・・・
お金ができたら、UPしようと思います。ゲストもユーザーほとんど区別せずに書き込みや画像のUPできるようにしています。
初心者ですが、多分こんな違いがありそう…。
XOOPSとMTの大きな違いはページの生成形式だと思います。MTは実際のページとして残るのに対してXOOPSは仮想的に生成するという特徴がありそうです。XOOPS本来の目的からいうと当たり前の考えですが、企業が商用サイトとして使う場合「SEO対策」を考える時気をつけなければならないかなぁ縲怩ﾆ思います。